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A Universidade de Évora está organizada em seis escolas: Artes, Ciências e Tecnologia, Ciências Sociais, Saúde e Desenvolvimento Humano, Enfermagem e a Escola Doutoral, através do Instituto de Investigação e Formação Avançada (IIFA). Atualmente, oferece 41 licenciaturas, 65 mestrados, 31 doutoramentos e 21 pós-graduações.

A Investigação e Desenvolvimento (I&D) na Universidade de Évora abrange diversas áreas científicas por meio de uma rede de 19 Unidades de Investigação, todas submetidas a avaliação internaciona. A instituição tem ainda 10 cátedras em áreas de excelência, incluindo Biodiversidade, Energias Renováveis, Património Imaterial e Saber Fazer Tradicional, LifeSpan, City University of Macau, High Performance Computing (HPC), CEiiA de Ciência e Tecnologia Aeroespacial, Bem-Estar Animal e Estudos Ibéricos, patrocinadas por entidades privadas.

A Universidade de Évora integra o Roteiro Nacional de Infraestruturas de Investigação e dispõe de diversas infraestruturas dedicadas à investigação em Agronomia, Biodiversidade, Ambiente, Informática, Gestão e Empreendedorismo, Engenharia Aeroespacial, Energia Solar e Património.

Nos últimos anos, a Universidade tem promovido uma forte ligação com a comunidade, estabelecendo redes de colaboração e disseminação de conhecimento. Destaca-se a sua participação no Parque do Alentejo de Ciência e Tecnologia (PACT) e a formalização de protocolos e contratos de prestação de serviços com empresas, universidades, associações e institutos.

As principais áreas de I&D incluem Agronomia e Biodiversidade; Geofísica, Meio Ambiente e Paisagismo; Materiais e Ciências da Superfície; Estudos de Economia e Negócios; Ciências da Computação e Interoperabilidade de Software; Ciências Sociais e Políticas, História, História da Arte, Ciência e Cultura; Matemática Aplicada; Educação; Linguística e Literatura; e Cuidados de Saúde para Idosos.

Atualmente, estão em execução, cerca de 300 projetos de I&D, desenvolvidos em parceria com entidades nacionais e internacionais e financiados por programas como Horizonte Europa, PRIMA, ERASMUS+, LIFE, Creative Europe, Digital Europe Programme, Ações COST, MSCA, EIT Health, EIT Urban Mobility, EEA Grants, INTERREG (Atlantic Area, MED, POCTEP e SUDOE), Fundação La Caixa, PT2030, Alentejo2030, COMPETE2030, PRR, FCT e financiamentos privados.